Automatización computacional del modelado y optimización de comunidades microbianas
Proyecto computacional a desarrollar dentro del grupo de biotecnología de sistemas, que trata de resolver problemas biotecnológicos con consorcios microbianos sintéticos, a nivel computacional y experimental, con aplicaciones en industria y en medicina.
Descripción del trabajo
Se trata de extender y mejorar una herramienta computacional desarrollada en el grupo, FLYCOP, para el diseño e ingeniería de comunidades microbianas. FLYCOP combina diferentes tecnologías, que permiten el modelado a nivel metabólico de una especie individual (COBRA), la simulación dinámica de varias cepas formando un consorcio (COMETS) y la configuración automática de parámetros mediante búsqueda local estocástica (SMAC). La mejora a desarrollar permitiría el uso de nuevos solvers y funcionalidades de COBRApy, integrándolo con tecnologías alternativas (BacArena), ampliando funcionalidades como la inclusión y análisis de la influencia de perturbaciones externas o la automatizando de la visualización y análisis de datos de los resultados, etc. Múltiples aspectos abiertos entre los que el estudiante podrá seleccionar.
Keywords
Microbial Community, Biotechnology, Optimization, Data Analysis
Requisitos
- Grado en informática, biología computacional o biotecnología
- Conocimientos de programación
- Posibilidad de realizar el TFG o TPM en curso 2018/19
- Acreditar una nota media de Grado igual o superior a 8
- Requisitos detallados y presentación de solicitudes: https://sede.csic.gob.es/Intro2018
- Solicitudes: hasta el 1 de Junio
Contacto para más información
Dr. Juan Nogales Enrique: jnogales@cnb.csic.es
Dra. Beatriz García Jiménez: beatriz.garcia@csic.es
Systems Biotechnology Group web
Publicaciones relevantes del grupo
- Nogales et al., (2012) PNAS:109 (7), 2678-2683.
- Nogales et al., (2014) Nature Biotechnology: 32 (5), 447-452.
(original source: offerJAEintro2018_computationalTFGorTFM)